基于N-gram相似度增強(qiáng)蛋白質(zhì)肽段組裝的方法

——面向質(zhì)譜數(shù)據(jù)分析

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摘要：蛋白質(zhì)肽段組裝是確定蛋白質(zhì)全長序列的重要步驟之一。然而，由于測序數(shù)據(jù)的不完整性及測序錯誤，傳統(tǒng)de Bruijn圖方法ALPS在肽段組裝中存在覆蓋率低和準(zhǔn)確率不足的問題。因此，文章提出了一種基于N-gram相似度增強(qiáng)肽段組裝的方法。利用N-gram算法改進(jìn)了ALPS方法的組裝路徑選擇，通過計算肽段子串之間的相似性，對de Bruijn圖中斷裂子串處進(jìn)行容錯性補(bǔ)充，從而提升了肽段組裝序列的覆蓋率與BLAST比對的得分。（剩余10761字）