玉米CDC48基因家族鑒定及表達(dá)分析

打開文本圖片集

摘要： 為了揭示玉米CDC48基因功能和機(jī)制， 采用生物信息學(xué)方法在玉米基因組水平鑒定CDC48基因家族成員， 并運(yùn)用實(shí)時熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)方法分析家族基因逆境和組織表達(dá)模式。 結(jié)果表明： 在全基因組水平篩選鑒定出14個ZmCDC48基因； 染色體定位分析顯示ZmCDC48基因家族成員不均勻地分布在9條染色體上； 系統(tǒng)進(jìn)化分析將14個ZmCDC48基因分為3組進(jìn)化分支， 各組內(nèi)基因結(jié)構(gòu)和蛋白序列保守， 但各組間差異較大， 可能存在功能差異； 種內(nèi)和種間共線性分析結(jié)果顯示ZmCDC48基因共有7個重復(fù)事件， 與水稻Oryza sativa的OsCDC48有12個同源基因?qū)Γ?與擬南芥Arabidopsis thaliana的AtCDC48無同源基因?qū)?；順式作用元件、組織和逆境表達(dá)模式分析顯示ZmCDC48基因可能參與玉米生長發(fā)育和逆境響應(yīng)過程；互作蛋白預(yù)測的結(jié)果顯示ZmCDC48蛋白可能通過與核蛋白定位蛋白4（NPL4）家族、 泛素融合降解（UFD1）家族、 含泛素調(diào)節(jié)X（UBX）結(jié)構(gòu)域蛋白、 卵巢腫瘤（OTU）樣蛋白等互作，參與玉米生長發(fā)育、 蛋白質(zhì)降解和免疫過程。（剩余22986字）