基于16S rRNA全長(zhǎng)高通量測(cè)序分析桶子雞中細(xì)菌多樣性

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摘要 ［目的］研究不同加工過程桶子雞所攜帶的微生物多樣性及菌落組成。［方法］采用PacBio三代全長(zhǎng)高通量測(cè)序技術(shù)，對(duì)桶子雞樣本所攜帶細(xì)菌的16S rRNA的V1-V9區(qū)進(jìn)行測(cè)序后進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。［結(jié)果］共獲得67 287條有效序列，2 300個(gè)OTU數(shù)目，不同加工環(huán)節(jié)的桶子雞中細(xì)菌群落存在差異。在門水平上，共獲得15個(gè)細(xì)菌門，優(yōu)勢(shì)菌主要為變形菌門（Proteobacteria）、擬桿菌門（Bacteroidetes）、放線菌門（Actinobacteria）、厚壁菌門（Firmicutes）、異常球菌-棲熱菌門（Deinococcus-Thermus）、疣微菌門（Verrucomicrobia）；在屬水平上，共獲得250個(gè)細(xì)菌屬，優(yōu)勢(shì)菌屬為假單胞菌屬（Pseudomonas）、不動(dòng)桿菌屬（Acinetobacter）、葡萄球菌屬（Staphylococcus）、環(huán)絲菌屬（Brochothrix）、中慢生根瘤菌屬（Mesorhizobium）、Janthinobacterium、黃桿菌屬（Flavobacterium）、希萬氏菌屬（Shewanella）、Kaistella、冷桿菌屬（Psychrobacter）；在種水平上，共獲得621個(gè)細(xì)菌種，優(yōu)勢(shì)菌種為Sediminibacterium magnilacihabitans、慢生根瘤菌sp011516665、Bradyrhizobium sp011516665、Pseudomonas fragi、干酪巨球菌（Macrococcus caseolyticus）、希瓦氏菌（Shewanella baltica）等。（剩余15752字）