辣椒基因組密碼子使用偏性分析

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摘要：為揭示辣椒基因組密碼子偏性形成的影響因素，了解密碼子偏性對基因表達的影響，以辣椒基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為研究內(nèi)容，利用CodonW和EMBOSS等軟件對基因組密碼子使用偏性進行分析。分析結(jié)果顯示，辣椒編碼基因平均GC含量為42.27%，偏好A/T作為密碼子的第3位核苷酸，基因平均ENC值偏大;GC3與GC12相關(guān)性較弱，大部分基因遠離ENC-plot曲線，近50%的基因ENC比值分布在GC3s的0.05～0.15組中;發(fā)現(xiàn)21個最優(yōu)密碼子，均以T、A或G結(jié)尾，大部分最優(yōu)密碼子在組織器官表達數(shù)據(jù)中得到驗證。（剩余10237字）