基于全基因組重測(cè)序研究文昌雞產(chǎn)蛋性能的影響因素

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摘 要： 旨在通過研究文昌雞進(jìn)化過程的特征，深入理解影響產(chǎn)蛋性能的因素，為文昌雞優(yōu)良品種選育提供基礎(chǔ)。本研究采集35只健康文昌雞（35周齡，15公，20母）和30只健康江漢雞（35周齡，10公，20母）的血液組織各3 mL提取DNA，采用全基因組重測(cè)序方法建庫測(cè)序。首先，對(duì)于原始測(cè)序數(shù)據(jù)用trimmomatic 軟件過濾，獲得高質(zhì)量序列比對(duì)到雞的參考基因組，GATK軟件提取變異位點(diǎn)SNPs，設(shè)置參數(shù)質(zhì)控去除低質(zhì)量、假陽性變異位點(diǎn)，進(jìn)一步采用snpEff對(duì)過濾的SNPs進(jìn)行基因結(jié)構(gòu)和功能注釋。（剩余21540字）