基于網(wǎng)絡藥理、分子對接和分子動力學模擬探討蛇床子治療牙周炎伴骨質(zhì)疏松的作用機制

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[摘要] 目的 聯(lián)合使用網(wǎng)絡藥理學、分子對接和分子動力學模擬技術探討蛇床子治療牙周炎伴骨質(zhì)疏松的活性成分及潛在靶點，并探討其可能的作用機制。方法 通過TCMSP 數(shù)據(jù)庫、SwissTargetPrediction 數(shù)據(jù)庫并結(jié)合文獻報道篩選蛇床子的主要化學成分及作用靶點；采用多種數(shù)據(jù)庫預測牙周炎和骨質(zhì)疏松的作用靶點；利用Venny 2.1 獲取蛇床子與牙周炎和骨質(zhì)疏松的交集靶點；采用STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建交集靶點的蛋白相互作用網(wǎng)絡（PPI） 圖并使用Cytoscape 3.9.1 軟件構(gòu)建活性成分?交集靶點網(wǎng)絡，對其進行拓撲分析篩選關鍵靶點和核心活性成分；基于Metascape 平臺對交集靶點進行基因本體論（GO） 和京都基因與基因組百科全書（KEGG） 富集分析；選取節(jié)度點（degree） 值排名前5 位的核心靶點和核心活性成分，使用Discovery Studio 2019 軟件對配體和受體進行分子對接，并將結(jié)果可視化；使用Gromacs2022.3 進行分子動力學模擬，以評估核心活性成分和關鍵靶點之間相互作用的穩(wěn)定性。（剩余21419字）