基于生物信息學分析肝細胞癌中l(wèi)ncRNA-miRNA-mRNA的調控網(wǎng)絡

打開文本圖片集

摘要：目的  生物信息學方法分析肝細胞癌（HCC）中差異表達的lncRNA、miRNA和mRNA并構建相關調控網(wǎng)絡。方法  采用R軟件分析癌癥基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)庫中374例HCC組織與50例癌旁組織中差異表達的基因，F(xiàn)unRich軟件分析差異表達miRNAs的轉錄因子，F(xiàn)unRich軟件結合Starbase和MiRDB數(shù)據(jù)庫分析miRNAs的靶基因，預測的靶基因與差異表達的mRNAs進行交叉匹配;通過基因本體（GO）和京都基因與基因組百科全書（KEGG）對mRNAs和miRNAs進行功能富集分析;使用STRING數(shù)據(jù)庫和Cytoscape軟件構建蛋白-蛋白互作圖（PPI）;Starbase數(shù)據(jù)庫分析miRNAs的上游lncRNAs，Cytoscape軟件構建lncRNA-miRNA-mRNA調控網(wǎng)絡。（剩余14294字）