東江水系大刺鰍線粒體基因組研究

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摘要：采用PCR和DNA基因測序技術(shù)對東江大刺鰍線粒體基因組（mtDNA）測序，使用DNAstar、MEGA 11.0、MITOS Webserver、tRNAscan SE 1.21、Clustal Omega等軟件對所測得序列進行分析、比對，了解其mtDNA結(jié)構(gòu)與組成等特征。結(jié)果表明：東江大刺鰍mtDNA總長度為16 493 bp，具有明顯的AT堿基偏好性（54.4%），共37個編碼基因（蛋白編碼基因13個、rRNA基因2個和tRNA基因22個）和2個非編碼區(qū)（OL區(qū)和D-loop區(qū)），9個編碼基因分布在輕鏈（L鏈）上、28個編碼基因位于重鏈（H鏈）上；存在9處不同長度的基因間隔區(qū)，間隔長度為1～5 bp不等；存在6處基因重疊，位于ATP8和ATP6間的基因重疊最大，長度為10 bp；OL區(qū)位于tRNAAsn和tRNACys之間，長度為30 bp可以折疊成莖環(huán)二級結(jié)構(gòu)，其莖區(qū)序列（5'-3'）為TCCCCGCC/AGGGGCGG，環(huán)區(qū)長度為13 bp；D-loop區(qū)位于tRNAPro和tRNAPhe基因之間，序列長度為871 bp，分為終止序列區(qū)（TAS）、中央保守區(qū)（CD）和保守序列區(qū)（CSB）3個區(qū)域；13個蛋白編碼基因中，COI的起始密碼子為GTG，其他均為ATG，終止密碼子包括TAG（COI）、TAA（ATP8、ND1、ND4L、ND5、ND6）和不完整終止密碼子TA（COIII、ND2、ATP6）、T（COII、ND3、ND4、Cyt b）4種；22個tRNA基因中，除了tRNASer（AGC）外其余都能折疊成典型的三葉草結(jié)構(gòu)。（剩余12107字）