基于PacBio平臺的扇穗茅全長轉(zhuǎn)錄組測序及熱激轉(zhuǎn)錄因子家族（HSFs）分析

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摘要：為了明晰扇穗茅（Littledalea racemosa）的轉(zhuǎn)錄組特征和熱激轉(zhuǎn)錄因子家族（HSFs）的功能與系統(tǒng)位置，本研究基于PacBio平臺對扇穗茅全長轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了測序和生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明：測序獲得高質(zhì)量的Unigenes 62 016條，平均長度為2752 bp，N50長度為2971 bp，蛋白編碼區(qū)序列（CDS）48 127個，簡單重復(fù)序列（SSR）8858個；扇穗茅Unigenes在5大公共數(shù)據(jù)庫中的注釋量分別為27 566（NR）、17 961（GO）、18 300（KOG）、17 381（KEGG）和23 737（SwissProt），有7663條Unigenes在5個數(shù)據(jù)庫中均得到注釋；扇穗茅轉(zhuǎn)錄本鑒定到1165個轉(zhuǎn)錄因子，隸屬于48個轉(zhuǎn)錄因子家族，大多與高原極端環(huán)境適應(yīng)有關(guān)；其中包含17個熱激轉(zhuǎn)錄因子（HSF），大部分位于細(xì)胞核，為親水蛋白，cDNA常包含5～10個保守結(jié)構(gòu)域；系統(tǒng)發(fā)育研究表明扇穗茅和擬南芥（Arabidopsis thaliana）HSF轉(zhuǎn)錄因子聚為9個分支（CladeA-I），扇穗茅的11個HSF與HSFA2聚為一支，彼此具有較近的親緣關(guān)系，可能具有相似的功能。（剩余19744字）